Vatikaanin salainen arkisto on Vatikaanin kaupungin keskusrekisteri kaikille Pyhän istuimen julistamille teoille. Paavi, Vatikaanin suvereenina ja pääomistajana, on arkistojen omistaja kuolemaansa tai eroonsa saakka, siirtäen omistuksen seuraajalleen. Arkisto sisältää myös valtion asiakirjoja, kirjeenvaihtoa, paavin kirjanpitokirjoja ja monia muita kirkon vuosisatojen aikana kertyneitä asiakirjoja. Seitsemästoista luvulla paavi Paavali V: n käskystä, Salainen arkisto erotettiin Vatikaanin kirjastosta, jossa tutkijoilla oli hyvin rajoitettu pääsy niihin ja jotka olivat suljettu ulkopuolisten ulottuvilta vuoteen 1881, jolloin paavi Leo XIII avasi ne tutkijoille, joista yli tuhat tutkivat nyt joitain asiakirjasi vuosittain.
Käyttö sanaa "salainen" otsikossa "Vatikaanin Salainen arkisto" ei merkitse sitä nykyajan merkitys luottamuksellisuuden. Sen merkitys on lähempänä sanaa "yksityinen", mikä tarkoittaa, että arkistot ovat paavin henkilökohtaista omaisuutta, joka ei kuulu minkään Rooman kuuria tai Pyhän istuimen osaston tietoihin. Sanaa "salaisuus" käytettiin yleensä tässä mielessä, koska se heijastuu myös lauseissa, kuten "salainen palvelija", "salainen mukin kantaja", "salainen kuvanveistäjä" tai "sihteeri", aivan kuten arvioitu kunnia ja kunnioitus, joka on verrattavissa VIP.
Kuitenkin joissakin osissa Secret arkisto on edelleen todella salaisuus: jotkut materiaalit ovat edelleen kielletty katselu ulkopuolelle, myös kaikki vuodelta 1939.
Vatikaanin salaisessa arkistossa on arvioitu olevan 85 kilometriä (53 mailia) kirjahyllyjä, ja valikoivassa luettelossa on vain 35 000 nidettä. "Hakemistot on tarkasteltava hakemistohuoneessa ja vaihdettava alkuperäiseen sijaintiinsa. Indeksien julkaiseminen osittain tai kokonaan on kielletty. " Arkisto tukee omia valokuva- ja konservointitutkimuksiaan.
Arkiston verkkosivuston mukaan vanhin jäljellä oleva asiakirja on peräisin 800-luvun lopulta. "Siirrot ja poliittiset mullistukset aiheuttivat melkein kaiken Innocent III edeltäneen arkistomateriaalin täydellisen menetyksen " (hallituskausi 1198-1216). Vuodesta 1198 lähtien täydelliset arkistot ovat olemassa, vaikka asiakirjoja on vähän ennen 1200-lukua. Siitä lähtien asiakirjoihin sisältyy mm. Englantilaisen Henrik VIII: n pyyntö avioliiton mitätöimiseksi, käsinkirjoitettu transkriptio Galileoa vastaan käydystä oikeudenkäynnistä harhaopin vuoksi ja Michelangelon kirjeet, joissa valitetaan, ettei hänelle ole maksettu työtä Sikstuksen kappelissa.
Sisäänkäynti arkistoon, Vatikaanin kirjaston vieressä, kulkee Porta di S: n kautta. Anna Via di Porta Angélicassa (rione de Borgo). Uusi maanalainen varastotila lisättiin vuonna 1980.
Tieteellistä tutkimusta suorittavat korkeakoulujen pätevät opiskelijat, joilla on riittävät tiedot arkistotutkimuksesta, voivat hakea pääsykorttia. Tutkijat tarvitsevat johdanto kirje tunnustettu tutkimuslaitos tai pätevä henkilö on alan historiallista tutkimusta. Hakijoiden on määritettävä henkilötiedot (nimi, osoite jne.) Sekä tutkimuksen tarkoitus. Perustutkinto-opiskelijoita ei oteta vastaan.
Tiedostojen käyttäjät voivat tarkastella ja käyttää tiukasti rajoituksia. Esimerkiksi vuoden 1939 jälkeen päivätty aineisto ei ole julkisesti nähtävissä - eikä koko kardinaalin henkilökohtaisiin asioihin liittyvää arkistoa voida käyttää vuodesta 1922 lähtien. Paavi Franciscus harkitsee, milloin täydellinen paavi Pion arkisto.
