Maanalainen pintakerros (kerros) välittömästi maanpinnan alapuolella, joka koostuu pääasiassa mineraaleista ja huuhtoutuneista materiaaleista, kuten raudasta ja alumiiniyhdisteistä. Humuksen ja saven jäännökset kertyvät maaperään, mutta makroskooppiset ja mikroskooppiset mikro-organismit, jotka tekevät maaperästä rikastetun orgaanisella aineella, viettävät vähän aikaa maaperän kerroksessa. Maaperän alla on osittain hajonnut kivikerros ja sen alla oleva kallio. Pintamaaperän puhdistaminen samalla kun maa puhdistetaan sadon kasvua tai kaupallista kehitystä varten, altistaa maanpinnan ja lisää maaperän mineraalien eroosiota.
Pintakerroksen alapuolella sijaitsevassa maaperässä ei ole suuria orgaanisen aineen pitoisuuksia, mutta se tarjoaa runsaasti mineraaleja juurijärjestelmien etsimiseen. Veden liike vaikuttaa suoraan maaperän piilokerroksiin, kuten punaisena ja keltaisena. Maaperän ylimmän kerroksen mineraalit löytävät tiensä maaperään veden valumisen kautta; savet ovat myös keskittyneet hedelmällisen maaperän alle. Tämän seurauksena pintakerroksen mineraalivajeet pakottavat juuret kaivamaan syvemmälle ravinteisiin samalla kun ne voivat asettua syvemmälle maarakenteeseen.
Maaperä on ensimmäinen linkki maaeläinten ruokaketjussa. kasvavat kasvit ravitsevat kasvinsyöjiä ja kaikkiruokaisia ravintorikkailla hedelmillä, juurilla ja lehdillä. Maaperä ei kuitenkaan ole eloton maaperä, joka tukee kasvien juuria. Itse asiassa jokainen neliötuuma sisältää jonkinlaisen elämän, kivennäisaineita tai vitamiineja kasvien terveen kasvun takaamiseksi. Maaperäkerrokset, kuten maaperä, maaperä ja kallioperä, tarjoavat erilliset elinympäristöt tämän tärkeän luonnonvaran jatkuvaan kierrätykseen.