Sana molekyyli on pienennös latinankielisestä sanasta "moolit", joka tarkoittaa massaa, joten molekyyli tarkoittaa "pientä massaa". Molekyyli on liiton tai asettaa kaksi tai useampia atomeja, jotka voivat olla samoja tai erilaisia, jos nämä atomit on erotettu se muuttaa ominaisuuksia asia.
Molekyyli on stabiili ja sähköisesti neutraali järjestelmä, joka koostuu joukosta kaksi tai useampia atomeja yhdistää kemiallisia sidoksia, joita kutsutaan kovalenttisia sidoksia. Nämä atomit voivat olla samat kuin vedyn (H2) ja hapen (O2) tapauksessa, jotka ovat diatonisia molekyylejä, tai ne voivat muodostua erilaisista atomista, kuten tapahtuu vedestä (H2O), joka koostuu kahdesta vetyatomista. ja toinen happi- ja metaanikaasusta (CH4), jonka molekyylissä on neljä vetyatomia, jotka ovat liittyneet yhteen hiilestä.
Molekyyli pidetään pienin osa, joka voidaan saada aineesta, niin että se voi säilyttää sen kemialliset ominaisuudet. Tärkein syy molekyylien muodostumiseen on se, että on atomeja, joilla on taipumus saavuttaa vähimmäisenergiatila ja tämän saavuttamiseksi se tapahtuu kovalenttisten sidosten kautta muiden atomien kanssa, joilla on sama tila, tätä sidosta ei voida helposti liuottaa, ja silloin syntyy molekyyli.
On ainetta, jonka molekyylit, jotka muodostavat ne eivät ole staattisia, päinvastoin, ne ovat jatkuvassa liikkeessä, joka on nimeltään molekyyli- tärinää, ja tämä voi puolestaan olla fleksion tai jännitteitä.