Ne edustavat kahden tai useamman aminohapon yhdistymistä alkuperäisen ja peptidien välisen yhteyden kautta. Tuotteissa ja proteiineissa nämä sidokset liittyvät peptidisidoksiin ja seurauksena karboksyyliryhmän reaktiosta toisen aminoryhmän kanssa vesimolekyylin eliminoinnilla.
Peptidi sidos (-CO-NH-) on yleensä edustettuina yksinkertainen sidos. Ilman sitä on kuitenkin useita ominaisuuksia, jotka ovat likimääräisiä kaksoissidoksena. Koska typpi on vähemmän elektronegatiivista kuin happi, CO-sidoksella on 60% kaksoissidoksen luonne, kun taas CN-sidoksella on 40%. Siksi peptidisidoksen CO- ja NC-sidoksilla on välilliset ominaisuudet yksittäisen sidoksen ja kaksoissidoksen välillä. Itse asiassa CO: n ja CN: n sidoksissa mitatut atomien väliset etäisyydet ovat välittäjiä yksittäisten liitosten ja kaksoissidoksen välillä. Tämä atomijärjestely stabiloituu resonanssillasiten, että peptidisidoksen muodostumiseen osallistuvat kuusi atomia ovat samassa tasossa.
Toinen tärkeä resonanssin seuraus on, että se lisää peptidisidoksen polaarisuutta ja muodostaa dipolimomentin (oikea kuva yllä olevassa taulukossa). Tästä syystä kukin peptidisidos voi osallistua kahteen vetysidokseen. Yhdessä niistä -NH- ryhmä toimii vetyluovuttajana ja toisessa -CO- ryhmä toimii vetyreseptorina. Tämä ominaisuus vaikuttaa merkittävästi proteiinien kolmiulotteiseen laskostumiseen, kuten näemme myöhemmin.
Osittainen luonne on kaksoissidos estää vapaan pyörimisen sidoksen, joka yhdistää C-ja N-atomien peptidisidos. Tämä kaksoissidoksen jäykkyys rajoittaa peptidien konformaatiomahdollisuuksia. Konfiguraatioita on kaksi:
- Cis-konfiguraatio: kaksi Ca: ta ovat kaksoissidoksen samalla puolella.
- Trans-konfiguraatio: kaksi Ca: ta ovat kaksoissidoksen eri puolilla.
On huomattava, että yleensä peptidisidos on esitetty yhtenä sidoksena. Joka tapauksessa sillä on useita ominaisuuksia, jotka tekevät siitä lähellä kaksoissidosta. Siksi asiantuntijat mainitsevat yleensä, että peptidisidoksella on ominaisuuksia, jotka sijoittavat sen puoliväliin yksittäisen sidoksen ja kaksoissidoksen välille.
