Tieteellisellä alalla metyleenisininen tunnetaan metyylitioniinikloridina, se on väriaine, jota käytetään väriaineena pigmentoimaan joitain ihmisen kehon osia ennen leikkausta tai sen aikana. Lääkärit käyttävät sitä periaatteessa antiseptisenä ja sisäisenä cauterizerina.
Sitä käytetään myös maaleina tahroissa mikroskoopilla tehtyihin havaintoihin ja tulosten tulostamiseen laboratorioissa, koska sillä on kyky värjätä virtsa ja ulosteet. Lopuksi sitä käytetään myös hoidossa methemoglobiinin alentamiseen. Keskuudessa sen ominaisuuksista on, että se on osa, joka koostuu kiteitä, kirkkaan tumman vihreä väri, se on ei hajua ja ei muuta ilmaa.
Se voidaan liuottaa helposti veteen ja harkittavasti alkoholiin ja kosketuksissa niiden kanssa sen väri muuttuu tummansiniseksi, sitä käytetään myös kynsisienen torjuntaan, sitä voidaan käyttää myös valkoisten vaatteiden maalaamiseen, kun se on alkaa muuttua kellertäväksi.
Vesiviljelyssä sitä käytetään laajalti trooppisten kalojen infektioiden hoitoon, se on erittäin tehokas torjumaan alkueläinlasta, joka aiheuttaa kaloissa infektioita. Sitä käytetään periaatteessa kalojen äskettäin munimien munien hoitamiseen, jotta bakteerit tai sienet eivät tartu niihin. Se on erittäin hyödyllistä, jos haluat inkuboida munia keinotekoisesti. Ihmiset voivat ostaa metyleenisinistä ilman reseptiä, sitä käytetään yleensä ajankohtaisena antiseptisenä aineena.
