Etymologia termin Alkuperäisellä tulee latinan ”autochthŏnes” , ja tämä puolestaan on johdettu kreikan ”αὐτόχθων” , jonka merkitys on oikea maahan tai tuottaa itse maasta. Sanan autoktoninen alkuperä on peräisin kreikkalaisesta mytologiasta. Näissä myytteissä autoktonisia olivat miehet, jotka syntyivät maasta versoina tai kasveina, tästä syystä heitä ei pidetty Gaia-jumaluuden (tunnetun jumalattaren, joka on samanlainen kuin Äiti Maa), heillä ei myöskään ollut esi-isää, siksi häntä verrattiin pensaaseen, koska hän syntyi yksinkertaisesti maasta.
Myöhemmin termi hyväksyttiin viittaamaan kaikkeen, joka on peräisin paikasta, jossa jokainen asia on, eli se viittaa johonkin alueelle kotoisin olevaan, tätä termiä käytetään viittaamaan asioihin, ihmisiin, perinteisiin, tuotteisiin, muiden joukossa. Esimerkiksi alkuperäiskansojen tai alkuperäiskansojen kohdalla heidät tunnetaan asuinpaikkansa autoktonisina aiheina, koska he ovat perinteisesti pysyneet samassa paikassa heimo- tai yhteisömuodostuksensa alusta lähtien. Esimerkiksi tango on Argentiinan autoktoninen kulttuuri-ilmentymä, tai jääkarhu on arktisen navan endeeminen laji, eli se voi syntyä ja kehittyä vain näissä olosuhteissa ihon, turkisten jalämpötilassa, jossa se voi selviytyä.
Yksi ala, jossa tätä termiä käytetään laajalti, on puhuminen käsityö-, kulttuuri- ja folkloristisista tuotteista sekä gastronomian, musiikin, plastiikan että erilaisten taiteellisten ilmaisujen alalla.
