Anaerobiset organismit ovat täysin päinvastainen organismeihin aerobinen, he eivät käytä kaksiatomiseksi happea kasvuun, aineenvaihduntaan ja erilaistumista, nämä toimivat eri yhdistettä, jolloin paikka alaluokkiin jos sanottu mikro-organismeja toimimaan kemiallinen yhdiste nimeltään pyruvaatti sanoo hänen Aineenvaihdunta on fermentatiivinen (he käyttävät käymistä), toisaalta se on toinen aine kuin pyruvaatti, jos se sanoo, että se on organismi, joka harjoittaa anaerobista hengitystä.
Fermentointi koostuu kemiallisen energian saannista katabolisessa prosessissa ja orgaanisen yhdisteen keskeneräisestä tai keskeneräisestä hapettumisesta.Lopputuotteen mukaan se voidaan luokitella alkoholikäymiseksi, koska se tuottaa etanolia, maitohappokäyminen tuottaa maitohappoa, voihappokäyminen muun muassa; puolestaan anaerobiset hengitykset koostuvat elektronien siirtoketjusta, joka on tavallisesti samanlainen kuin aerobinen hengitys, mutta lopullisen akseptorin sijasta on happea, tässä tapauksessa se olisi mikä tahansa epäorgaanisen yhdisteen yhdiste.
Aivan kuten on aerobisia bakteereja, on olemassa myös anaerobisia bakteereja, jotka voivat elää ilman happea. Jotkut niistä löytyvät ihmiskehosta paikoissa, joissa ei ole happea, kuten paksusuolessa, jossa ne toimivat mädäntyvinä bakteereina Ulosteet voidaan hapenkestävyytensä mukaan luokitella seuraavasti: pakko anaerobisia bakteereja, nämä eivät voi kasvaa alueilla, joilla on happea, koska se on haitallista ja voi aiheuttaa sen tuhoutumisen. Aerotolerantit bakteerit eivät koskaan käytä happea aineenvaihduntaan mutta voi elää hapetetuissa ympäristöissä, fakultatiivisissa anaerobeissahe voivat käyttää happea lopullisena elektronin vastaanottajana, mutta jos he ovat ympäristöissä, joissa ei ole happea, he käyttävät fermentointireittiä.
